Müller Imre a híres „Regnum Marianum”-ban került közel a természethez. Alig 17 évesen, 1954-ben már gombászként új alfajt fedezett fel (Geastrum coronatum, varietas mülleri). 1956-ban Párizsban profi fényképésszé képezte magát. Párizsi szeminaristaként Pierre Theilhard de Chardin jezsuita paleontológus írásait olvasva „az értelmet kereső hit” vezérelte. 1964-1966 között misszionárius lett Afrikában. Később beiratkozott a Fribourgi Egyetemre, ahol doktori fokozatot szerzett és munkatársaival majomkoponyák tanulmányozásával azonosították a meningeál artéria legprimitívebb formáját. Karsztkutatással kezdett foglalkozni a Neuchâteli Egyetemen, itt újabb doktori fokozatot szerzett, ezúttal már hidrogeológiából. Kezdetben a vízkémia témakörében dolgozott, majd 1981-ben elkészült elektromágneses műszerfejlesztésének első gyümölcse a VLF-R, később az RMT műszer.
2000-ben látogatott el először az ELTE Alkalmazott és Környezetföldtani Tanszékére. Azóta segíti a tanszéki hidrogeológia oktatást: kurzusokat tart MSc és PhD hallgatóknak, részt vesz és oktat a hidrogeológiai terepgyakorlatokon, szakdolgozatok témavezetője és konzulense, valamint műszeradományaival a Müller-Surbeck Hidrogeológiai Labor műszerparkját támogatja.
Müller Imre professzor tevékenységét 2003-ban vendégprofesszori címmel ismerte el az ELTE. Még ebben az évben a tanszék elnyerte az UNESCO Chair címet. Így Müller professzor lett az Erdélyi Mihály School of Advanced Hydrogeology Chairholder-e. 2007-ben az ELTE címzetes egyetemi tanári címet adományozott Müller Imre professzornak.